Celebi / 版本更新

CelebiChrono v1.0.0b4

命令与帮助

  • 三个入口现在各司其职:celebi 进入交互式 shell,celebi-cli 提供完整的 非交互命令行,celebi-git 专门处理 Git 操作。
  • 命令仍保持扁平结构,但按项目、导航、对象、配置、执行、数据、runner、检查、 文件与维护等任务分类显示。
  • 规范命令名更加明确,包括 project-path、set-parameter、 set-environment、set-memory-limit、runner-environments 和 view-url。 旧拼写仍作为隐藏兼容别名保留。
  • 交互式 shell 完整支持 helpme、help <command> 和 <command> --help 三种帮助形式。
  • CLI 补齐了此前缺失的批量输入/对象、缓存设置、结果检查、文档辅助、文件显示与 导出、impression 维护和 bookkeeping 等命令。
  • 移除无实际实现的 jobs;工作流检查请使用 status、history 和 engine-logs。

提交与实时状态

  • submit 同时负责首次执行和安全重提:活动工作流会去重,已完成结果会复用, failed、dissonant 或 stopped 工作流可被替换,并记录前序工作流信息。
  • submit --with-unknown 会先刷新不确定的 SSH 启动状态,只有确认失败后才创建 替代工作流。
  • status --wait 与 Yuki 的工作流刷新锁同步,查询 runner,并持续输出发生变化的 状态快照,直到对象进入终态。--poll-interval / -i 可调整刷新间隔。
  • 导航与项目命令在 Celebi 项目之外会清晰报错,不再抛出内部异常。

Yuki runner 与可靠性

  • 新增 IHEP HepJob 后端:工作流协调器和各条 Snakemake 规则均通过 hep_sub 提交;支持子任务跟踪与取消、Celebi 内存限制映射,并把运行状态放在共享存储上。
  • SSH 启动标记延迟时保持 unknown 且可继续轮询,直到后续证据确认成功或失败。
  • failed/stopped 远端工作流会被阻止重新发布陈旧缓存;完成的缓存项采用原子方式发布。
  • 依赖失败会保存结构化 blocked_by 快照;失败工作流的 stageout 可显式收集为 非正式诊断输出。
  • Yuki 按职责重组为 jobs、workflows、runners、execution、storage、services 与 utils 等模块。
  • 基于 Conda 的 RabbitMQ 安装更可靠,并启用与 Celery 兼容的运行方式。

文档

README、Read the Docs 命令参考、中英文网站指南和 Celebi skills 现已统一使用相同的 命令名、分类和帮助模型。